黑衣人3电影天堂从事韩国海外秘密行动的黑队队长池康仁活跃在沈阳一带。康仁经验老道，通常被称为“夜叉”，他会为了完成使命而不惜一切代价。有一天，国家情报局 (NIS) 发现有关沈阳地区动向的报告全部是假的，而这份报告正是黑队提供的。国家情报院第 4 任院长廉定媛对此深感不安，派遣首尔中央地方检察厅的韩志勋为特别检察官。夜叉和黑队试图摆脱特别检察官志勋，但志勋执着地跟踪黑队的行动。