赛尔号恢复部分记忆的外星人袁子旦为了重回母星开始调查自己落难地球的真相，不料在寻找过程中被以“黑炎”为首的恶势力层层阻碍，并跟高一七班粉小妹的新室友秦丽丽产生误会，最后几经波折得知真相的袁子旦在粉小妹的帮助下意外找到了回母星的方法，不料临行前被神秘的“类人生物”青烛所破坏，于是更深一层的秘密逐渐浮出水面！