名侦探柯南剧场版漆黑的追踪者清朝年间，少林与武当都拥有极多高手。少林以反清复明为志，武当派则甘作满清鹰犬，因而两派处于敌对局面，旗人青年童千斤，因自幼是孤儿，遭受同族欺侮，对族人怀恨极深，投身少林寺习武。他联络同门师兄弟胡惠乾等进行反清复明工作，武当派高手为了对付少林弟子，亦派出门下分批下山，与童相遇掀起一场又一场的打斗……