奈克瑟斯奥特曼剧场版上古时期，神工与鬼斧合力将祸害人间的海域统领蛟魔王囚禁于江海交汇处。为束缚住强大的蛟魔王，鬼斧牺牲肉身化作元神，注入神工所打造的用于囚禁蛟魔王的法器中。封神大战结束，墨麒麟和小蛟龙屡次触碰囚禁法器企图释放蛟魔王。于是在姜子牙的推荐下，玉帝决定启用曾经的战神二郎神来执行缉拿墨麒麟的任务。可在捉拿的过程中，二郎神却陷入了一场巨大的惊天阴谋中。