末日孤舰第二季涼花が昼寝から目を覚ますと、「絶対にマンションから出るな」という母からのメッセージが……。　　知らぬ間に、どうやらマンションは誰も入ることのできない“監禁区域”になっていた。　　主人公の女子高生・涼花は、封鎖されたマンションから脱出するため、謎の未確認生命体“X”（サイ）と対峙することに。　　ループする絶望の中で活路を見出し、涼花は無事家族のもとへ帰れるのか……！？