黑蝴蝶讲述了一位痴迷于村山画作的年轻女子阿咲，一位能听到不寻常频率并自称是村山或其精神印记的年轻男子佐久，以及一组具有超能力的年轻表演者。他们因村山的作品而结缘，并在前往一个名为“阿加尔塔”的神秘洞穴的旅途中，通过表演舞蹈重现他的作品。