魔法花学园3故事主要讲述了东北山村穷小子项云峰为治疗奶奶的病情，改善自己的生活和命运，被迫于21世纪初加入北方偷盗文物的团伙，历经南北，遍历江湖，见识三教九流，从青涩少年成长为中年男子、遭遇无数奇人异事，最后从善如流、惩恶扬善的完成人生蜕变的故事。