电影蓝风筝舞台是被谜包围的新型药品【DOPE】蔓延的近未来的日本——。新人麻药取缔官才木优人突然有一天被调到了秘密性很高的部门麻药取缔部特殊搜查科，通称“特搜科”。在那里遇到了第一印象最差的才木教育系·阵内铁平。想法正好相反，性格最差的两人组成了搭档，与个性丰富的特搜课成员一起DOPE挑战着解决围绕着的不可思议的事件。那样的他们有对别人不能说的“有的秘密”···。