谍影行动肥仔（曾志伟 饰）是香港专门负责销毁旧钞的公司的一名普通员工，一日他发现机器在销毁旧钞时突然当机了一下，随即恢复运转。就是这一刹那，有三千万本该已经销毁的旧钞幸存了下来。发现了这个天大的秘密的肥仔欣喜若狂，决定联合一般狐朋狗友将这横财三千万据为己有。正当他们与光头秦（麦嘉 饰）相讨大计时，他们的计划被一名小修女（林青霞 饰）无意中听到了。小修女怀着拯救众生的梦想，决心阻止他们的计划，挽救他们。于是，一轮轮精彩搞笑的斗智行动开始了。