名侦探柯南剧场版03世纪末的魔术师神秘少年大风解救了遭遇暗算重病的李画眉，大风欲赴京都寻师姐巧与李画眉同路，途中李画眉却惊觉其师姐便是女皇秦昭，且女皇屡派杀手追杀。为查明缘由，大风和李画眉性命互托，共同御敌。江湖纷争四起，朝堂争斗更胜。二人不知不觉被卷入一场云谲波诡的阴谋当中，大风就是解开所有谜团的钥匙……