电影孔子公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。