火影忍者剧场版3小龙是一个乐于助人、富有爱心和行动力的男孩，有一天，他认识了神奇的盟卡伙伴，得知了它有着寻找微龙兽的任务，便决定帮助它。在此期间，小龙认识了几位志同道合的朋友和盟卡伙伴，与此同时，一些来自不同时空的对手们也纷纷现身，他们怀着不同的目的争夺微龙兽。在这一季中，小龙和朋友们要去往各种不同的时空，把散落的微龙兽一一找回，小龙和伙伴们也逐渐揭开微龙兽和天外来客们降临的真相，通过勇敢的较量击败坏人的邪恶计划，最终成功帮助微龙兽和盟卡伙伴回到它们的时空。