通灵少年以明朝为时代背景，描述李其(朱江)，练得一手好剑，因生活十分困苦，加上妻子沈素心(曾庆瑜)体弱多病，为生活沦为盗贼。由于他剑术高明强，渐渐声名大噪，后来做了一宗大买卖，被官府追缉，更被同伴出卖，被名捕头设下陷阱捕获，被重判配刺发放边强。李其深省悔悟，适逢新帝大赦，放其还乡。李其满意以为可以重新过日子，谁知昔日出卖他的同伴，因恐怕其复仇，沿途加以陷害及追杀，加上他面上有刺青字，被人唾弃。虽然一家三口重聚，仍过着提心吊胆、颠沛流离的逃亡生活……