魔法花学园3等待天堂”的背景是17世纪的伊斯坦布尔，那里有一位画微型人像画的大师Eflatun。一天，他被强 行带到高官的住所，因而得悉Danyal王子因作乱而在偏远地区被捕，死刑快将执行，Eflatun被命令给王 子作肖像，以让当局确定正身。Eflatun开始了到Anatolia的艰巨旅行。在途中他带上一个叫Leyla的女孩 。他们一起在这个高度冒险的旅程里找到自己。