特工神童3故事开始于15年前孤儿院发生的一场大火，泉和直子的出生证明在大火中付之一炬，与此同时，泉的母亲也失去了记忆。泉被身为检察官的父亲带走了，于宠爱之中长大，那边厢，直子则回到了已经刑满释放的杀人犯父亲的身边。　　直子的父亲本以为自己的内心已经死去了，可直子的出现给他灰暗的人生带来了新的希望，在直子不断的温暖之中，这个那人决定洗心革面重新做人。某日，泉的母亲突然恢复了记忆，此时的她已经改嫁成为了别人的妻子，泉的母亲说出了一个惊人的秘密，那就是泉并不是自己的女儿，她和直子的身份颠倒了。