黑暗侵袭2忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、　　街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。　　だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。　　しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。　　…なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！　　世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！