跨越彩虹在南方某城市公安局的录相室内，播放着由国际卫生组织转来的次料：一个名叫托尼．平克尔顿的爱滋病患者，临终前讲出了他在本市南方大学任教期间曾与三个中国女孩子有过性关系的事。为了尽快查到这三个女孩，组成了林志刚、宋明如、陈泗东和南方大学外事办女秘书王小雨四人特别调查小组。经过一番调查，最终找到了三个女孩子。最后本影片向人们指出了人的行为要向社会负责，同时也宣传了防止艾兹病的知识。