超人前传第五季在美国人民努力适应祖国人的统治之时，戈多金大学新来的校长鼓吹一门能让学生们变得比以往更强大的新课程。凯特和山姆被视为英雄，而玛丽、乔丹和艾玛在经历了数个月的痛苦后，回到了课堂。人类与超人类之间的战争正在酝酿，三位主角发现了一个始于上个世纪六十年代的秘密项目，而且该项目也许对当下仍有重大影响，不管如何，玛丽都被牵涉在了其中。