米奇妙妙屋第三季以平安文化与电脑机械交织的异世界·电祇平安京为舞台的异世界战斗动作作品。因意外事故而转移到电祇平安京的叛逆高中生·业平猛，在遇到多次出现在梦中的神秘少女·月宫后，却被名为怨人的怪物夺去了生命。然而下一刻，猛再次在电祇平安京醒来。意识到自己进行了时间跳跃的猛，猛为了抵抗月宫死亡的未来，决定向安倍晴明学习阴阳术，作为阴阳师而战。