少年巴比伦代号47（蒂莫西•奥利分特 饰）是一个利用基因技术制作的复制人，受雇于名为“The Agency”的组织进行刺杀活动，47是他颈背条码的最后两个数字，也是他的名字。因为卷入了政治阴谋，47在东欧遭到了国际刑警和俄国军队的双重追杀。在追查真凶的过程中，他遇上了一个致命的女人（欧嘉•克瑞兰蔻 饰）。杀手的冷酷无情渐渐被女人瓦解，但是生命也正在受到威胁……