源代码电影上一季中，有栖（山崎贤人 饰）与宇佐木（土屋太凤 饰）通过了所有关卡，回到现实世界结为夫妻，从此过着幸福快乐的生活。他们对今际之国的记忆虽然遭人抹去，但时不时会在梦境与幻觉中瞥见当时的情景。某天，宇佐木在来世研究者隆二（贺来贤人 饰）的带领下忽然人间蒸发，而就在她消失的 同时，盘田（矶村勇斗 饰）将最后一张鬼牌交给了有栖。　　由神秘鬼牌引领的未知旅程从此展开……