识骨寻踪第九季大都会・東京で日々多発する凶悪犯罪。警視庁は、その事件解決のために「捜査一課9係」を新設した。捜査一課9係の係長・加納倫太郎（渡瀬恒彦）、浅輪直樹（井ノ原快彦）、小宮山志保（羽田美智子）、村瀬健吾（津田寛治）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）の6人の刑事たちが、難事件を解決していく。