秘密动物园全新一季剧情在第二季事件结束六个月后展开，乔·利普霍恩中尉与吉姆·奇再度联手，调查一起离奇案件——两名男孩人间蒸发，现场仅留下一辆废弃自行车与血迹斑驳的土地。与此同时，伯纳黛特·曼努埃里托正努力适应着离家500英里外加入边境巡逻队的新生活，却意外发现了一个牵涉人口及毒品走私的惊天阴谋，其影响将波及深远。